Die Mitglieder des Stiftungsrates werden von ihren jeweiligen Gliedkirchen benannt und in den Stiftungsrat entsendet. Die Amtsdauer beträgt 4 Jahre. Der Stiftungsrat der Evangelischen Schulstiftung setzt sich aus den folgenden Mitgliedern und Stellvertretungen zusammen:

Oberkirchenrat Sönke Erich Krützfeld (Vorsitzender des Siftungsrates)
Evangelische Kirche in Hessen und Nassau

Oberkirchenrätin Carmen Rivuzumwami (Stellvertretende Stiftungsratsvorsitzende)
Evangelische Landeskirche in Württemberg

Oberkirchenrat Matthias Kopischke
Evangelische Landeskirche Anhalt

Oberkirchenrat Wolfgang Schmidt
Evangelische Landeskirche in Baden

Leitender Kirchenrechtsdirektor Dr. Ottmar Funk
Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern

Oberlandeskirchenrat Thomas Hofer
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Braunschweig

Kirchenrätin Susanne Minkus-Langendörfer
Evangelische Kirche in Mitteldeutschland

Pfarrer Dr. Michael Dorhs
Evangelische Kirche von Kurhessen Waldeck

Oberkirchenrat Michael Lunberg
Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz

Oberkirchenrat Dr. Claus Müller
Evangelische Kirche der Pfalz

Leitender Kirchenrat Dr. Sascha Flüchter (Schriftführer)
Ev. Kirche im Rheinland

Oberlandeskirchenrat Burkart Pilz
Evangelisch-Lutherische Kirche Sachsens

Oberkirchenrätin Monika Pesch
Vertreterin der Evangelischen Kirche von Westfalen

OStD i.K. Pfarrer Mark Meinhard
Arbeitsgemeinschaft Evangelischer Schulbünde e. V.

Pastor Gerd Brinkmann
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Hannover

Theologische Referentin Dr. Alexandra Eimterbäumer
Evangelisch-lutherische Landeskirche Schaumburg-Lippe

Stellvertretungen

Oberkirchenrat Stefan Knöll
Evangelische Kirche in Hessen und Nassau

Pfarrer Dr. Lambrecht Kuhn
Evangelische Landeskirche Anhalts

Kirchenoberrechtsrätin Friederike Heidland
Evangelische Landeskirche in Baden

Landeskirchenrat Jörg Willenbockel 
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Braunschweig

Direktor Dr. Jürgen Belz
Evangelisch-lutherische Kirche in Bayern

Oberlandeskirchenrätin Dr. Anne-Ruth Wellert
Evangelische Kirche von Kurhessen-Waldeck

Friederike Wulff-Wagenknecht
Evangelische Kirche in Mitteldeutschland

Pastor Kai Gusek
Schulstiftung der Evangelisch-lutherischen Kirche in Norddeutschland

Volker Schmidt
Schulstiftung der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Sachsens

Kirchenrätin Ursula Kannenberg
Evangelische Landeskirche in Württemberg

Stefan Giesel
Arbeitsgemeinschaft Evangelische Schulbünde Deutschland

Oberlandeskirchenrätin Dr. Kerstin Gäfgen-Track
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Hannover

Oberkirchenrat Dr. Dieter Altmannsperger
Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz

Pastorin Reinhild Gedenk
Evangelisch-reformierte Kirche

Kirchenrechtsdirektorin Gunhild Achenbach
Ev. Kirche im Rheinland