Die Gründung der Evangelischen Schulstiftung in der EKD ist eine unmittelbare Folge der friedlichen Revolution in der DDR 1989 und der deutsch-deutschen Wiedervereinigung. Im Zuge der zahlreichen Schulgründungen in den neuen Bundesländern wurde 1994 die Evangelische Schulstiftung in der EKD gegründet. Das geschah durch beispielhaftes solidarisches Handeln verschiedener Landeskirchen.
Die bayerische Schulstiftung half unter dem damaligen Vorsitzenden Herrn Dr. Jürgen Bohne maßgeblich, das Aufgabenfeld der jungen Stiftung zu bestimmen. Schulneugründungen und deren Verwaltungsübernahme zählten zu den ursprünglichen Aufgaben. Durch Frau Annegrethe Stoltenberg, damalige Leiterin der EKD-Bildungsabteilung, war sogleich eine Bindung zum Kirchenamt der EKD in Hannover gegeben. Insbesondere die Anschubfinanzierungen der EKD-Synoden 1996 und 1999 ermöglichten es, dass wir unsere Tätigkeit beträchtlich ausbauen konnte.
2003 zog die Stiftung von Nürnberg nach Hannover um. Neben dem traditionellen Aufgabenfeld der Schulneugründungen wurden weitere Themen definiert. Dazu gehörten Fragen der Entwicklung pädagogischer Schulqualität sowie die Fort- und Weiterbildung von Lehrkräften. Die Schärfung des evangelischen Profils in den ostdeutschen Bundesländern ergänzte die Fragestellungen.
Mit ihrem 20-Jährigen Jubiläum am 27. Juni 2014 in Berlin ist die Evangelische Schulstiftung in der EKD in eine weitere Etappe eingetreten: Sie wurde proaktiv ausgerichtet und arbeitet seit einigen Jahren vorwiegend operativ. Seitdem präsentieren wir uns mit bundesweiten Förderprogrammen, Projekten, Fachtagen und Seminaren – zunehmend auch in digitalen Formaten. Austausch und Vernetzung sind wichtige Anliegen geworden. Wir stehen dabei mit zahlreichen landeskirchlichen und diakonischen Einrichtungen, Stiftungen und Vereinen in enger Verbindung. Die Stiftung ist eine zentrale Ansprechpartnerin für evangelische Schulträger und ihre Schulen auf Bundesebene geworden.